Historia Zespołu Szkół nr 9 w Kaliszu ma swój początek wraz z reformą oświaty i rozpoczęciem działalności Gimnazjum nr 9 w Kaliszu, które miało miejsce 1 września 1999 r. Mieściło się ono wówczas przy ulicy Hanki Sawickiej 3b, tworząc ze Szkołą Podstawową nr 17 Zespół Szkół nr 9 – dyrektorem gimnazjum została pani Małgorzata Jackowska.
W styczniu 2003 roku do władz miejskich wpłynęło pismo z prośbą o wybudowanie samodzielnego gimnazjum. Po rocznym cyklu inwestycyjnym 1 września 2004 r. uroczyście przekazano młodzieży, nauczycielom i mieszkańcom osiedla nowoczesny obiekt szkolny z pięknym wystrojem zewnętrznym i wewnętrznym. Rok później ruszyła budowa sali gimnastycznej i hali widowiskowo-sportowej. Uroczyste otwarcie obiektu nastąpiło 4 listopada 2006 roku. Ważnym momentem w dziejach Gimnazjum nr 9 w Kaliszu było nadanie jej imienia Jana Pawła II oraz wręczenie sztandaru, które miało miejsce 9 marca 2006 roku. W 2009 roku do dyspozycji uczniów oddano piękny kompleks boisk.
28 marca 2013 r. na mocy Uchwały Rady Miejskiej Kalisza zostało powołane do życia VII Liceum Ogólnokształcące Szkoła Mistrzostwa Sportowego w Kaliszu. Liceum SMS weszło w skład Zespołu Szkół nr 9 w Kaliszu i rozpoczęło funkcjonowanie w budynku Gimnazjum nr 9. Działalność nowej szkoły rozpoczęła się 1 września 2014 r., dziesięć lat od pamiętnego wprowadzenia się w te mury Gimnazjum nr 9.
W wyniku kolejnej reformy edukacji, Uchwałą Rady Miejskiej Kalisza z dnia 30 marca 2017 r. w sprawie dostosowania sieci szkół podstawowych i gimnazjów do nowego ustroju szkolnego, Gimnazjum nr 9 im. Jana Pawła II w Kaliszu zostało przekształcone w ośmioletnią Szkołę Podstawową nr 24 im. Jana Pawła II w Kaliszu, która rozpoczęła swoją działalność 1 września 2017 r.
Obecnie Zespół Szkół nr 9 w Kaliszu z siedzibą przy ulicy Prymasa Stefana Wyszyńskiego 22-24 tworzą: Szkoła Podstawowa nr 24 im. Jana Pawła II w Kaliszu oraz VII Liceum Ogólnokształcące Szkoła Mistrzostwa Sportowego w Kaliszu, których organem prowadzącym jest Miasto Kalisz, a nadzór pedagogiczny sprawuje Wielkopolski Kurator Oświaty.
